Shinichi Kudo é um estudante que atua como detetive, renomado por ser capaz de resolver os crimes mais difíceis com sua sagacidade e poder de dedução. Certo dia, ele decide seguir dois homens suspeitos, vestidos de preto. Após testemunhá-los cometendo um crime, ele é pego de surpresa e, desacordado, forçado a tomar um misterioso líquido. Ao acordar, ele se vê no corpo de uma criança. Shinichi assume a identidade de Conan Edogawa e passa a viver como uma criança comum enquanto tenta desvendar o mistério de seu encolhimento. Seu corpo encolheu, mas sua mente continua a mesma! A verdade é uma só!