O anime conta a história do Cavaleiro D’Eon, que faz do serviço secreto do rei da França, Louis XV. Um dia, a irmã de D’Eon, Lia, é encontrada morta, e a única pista que pode resolver o mistério é a palavra “Psalms” (salmos). D’Eon então parte para tentar encontrar alguma pista que o ajude a desvendar o mistério da morte de sua irmã, mas acaba caindo numa armadilha e sendo ferido gravemente. O sangue, quando escorre de sua espada, forma a palavra “Minha alma está livre”, e então D’Eon é possuído pelo espírito de sua irmã.

Em seu dia de formatura do ensino médio, a prima de Itsuki, Mahiru, diz a ele que está grávida. Só então, um portal de luz emerge e transporta os dois para o mundo da Granvania. Nesta terra, "impurezas" têm causado perturbação às estrelas, mergulhando Granvania no caos e na desordem. E Itsuki, agora revelado como alguém que está fadado a se encontrar com as "Donzelas das Estrelas", é visto como a última esperança de Granvania e recebeu assim a tarefa de produzir "Star Children" e combater as "impurezas". E a menos que a tarefa esteja completa, Itsuki nunca poderá voltar para casa.

Depois de perderem sua mãe, Alphonse e Edward Elric tentam trazê-la de volta usando uma técnica de alquimia proibida. Contudo, o princípio básico da alquimia é a "troca equivalente", e tentar ressuscitar alguém tem um preço muito alto. Ed perde sua perna, e Al perde seu corpo. Ed consegue selar a alma de Al dentro de uma grande armadura metálica, dando em troca seu braço. Anos depois, Ed (com dois membros de metal) e Al (ainda preso na armadura) deixam a sua cidade natal. Ed, que possui um talento nato para a alquimia, se torna um alquimista com certificado nacional, e logo passa a ser chamado de "Alquimista de Aço". Mas o verdadeiro objetivo dos irmãos é encontrar a pedra filosofal, na esperança de recuperarem os seus corpos originais. Logo eles descobrem que essa mística pedra, que pode nem existir, é visada não só por eles, mas como muitas outras pessoas também.

Em uma cidade sombria, conhecida apenas como “O Buraco”, um clã de feiticeiros tem arrancado as pessoas das ruas para usá-las como cobaias em atroz “experimentos”. Em um beco escuro, Nikaido encontrou Caiman, um homem com cabeça de lagarto e um caso grave de amnésia. Para desfazer o feitiço colocado nele, os dois começam a caçar feiticeiros na cidade, esperando que eventualmente matem o certo. Mas quando En, o feiticeiro chefe, recebe a notícia de um homem-lagarto massacrando seu povo, ele envia uma equipe de “limpadores” para cuidar do assunto, iniciando uma guerra entre dois mundos.

Kiyotaka Ayanokouji acaba de se matricular no Colégio Tokyo Koudo Ikusei, onde dizem que 100% dos seus alunos entram na faculdade ou arranjam um bom emprego. Infelizmente, ele vai parar na sala 1-D, onde ficam todos os alunos problemáticos da escola. Pior ainda: todo mês, a escola premia os alunos com pontos que valem cem mil ienes, e emprega uma política bem liberal onde é permitido dormir, conversar e até sabotar os colegas. Contudo, há alguém que discorda de todos esses alunos e suas vidas desregradas, e decidiu se isolar e evitar contato com outros: a bela Suzune Horikita.

 Minami Itsuki, é um jovem que tem apenas 13 anos, e é estudante que por sinal também um delinquente juvenil em Air Gear. Minami é conhecido como o “Imbatível Baby Face”, Ikki é um garoto que se tornou lider de uma pequena gangue juvenil que se nomeou Gunz do Lado Leste. Ikki após ser humilhado em Air Gear Online por uma gangue de Storm Riders que se chama Skull Saders e acaba retornando para casa com o seu orgulho e a sua reputação escolar machucada também, e acaba descobrindo um grande segredo dos benfeitores o que dar alguma vantagem, as irmãs Noyamano pertencem a um grupo bastante notório de Storm Riders no qual se chama Sleeping Forest. Ikki ganha um presente que é um par de Air Tracks das suas amadas irmãs, que eventualmente volta a desafiar os Skull Saders para resolver as suas diferenças e recuperar o seu orgulho em Air Gear

Conta a história do jovem herdeiro Hugh Anthony Disward, que ganhou uma mansão e uma biblioteca enorme de seu avô. E nesse local ele acaba conhecendo uma misteriosa moradora chamada Dalian. Ela é a guardiã do portal para a Estante de Dantalian, que contém livros proibidos sobre demônios. Hugh então se junta a Dalian para juntos resolverem casos de pessoas fascinadas por esses livros proibidos que estão usando-os e perturbando o equilíbrio do mundo.

No ano de 2005, um vírus de computador chamado Pluto's kiss (Beijo de Plutão) destruiu a internet em todo o mundo limitando severamente o ciberespaço. Dois anos depois, com a internet recuperada, as pessoas passam a participar de um jogo de RPG medieval chamado The World que faz grande sucesso. As aventuras são vividas por volta de 20 milhões de usuários online espalhados pelo mundo inteiro. A história começa quando um dos personagens, um jovem Wavemaster, chamado Tsukasa, inexplicavelmente não consegue mais se desconectar do jogo. Uma jovem Heavy Blade chamada Mimiru fica sabendo sobre o que está acontecendo com Tsukasa e tenta ajudá-lo. Juntam-se à tarefa outros personagens como Bear, Crim, Subaru, Sora e BT.

Em um mundo medieval, Grendel fez uma profecia da qual dizia que a nova princesa do reino, ao completar 16 anos, seria o veneno que destruiria o mundo. Quando ainda era um bebê foi jogada num desfiladeiro... mas por sorte ou pelo destino, sobreviveu. Agora, Pacifica Casull se aproxima de seu décimo sexto aniversário, e seus irmãos adotivos, Shannon e Raquel, tentam protege-la desesperadamente dos seguidores do deus Mauzel enquantam viajam. E periodicamente encontrando com alguém disposto a matá-la, esperando assim salvar o mundo de uma grande desgraça.

Zedd, um garoto de 15 anos que vive em um lugar chamado Callm, uma zona onde não há vento e onde há muitas doenças pelo facto de o ar estar sempre parado. É frustrado por sua situação atual na vida e sente que existe algum lugar lá fora onde possa viver mais livremente. Um dia, a "convite" de um "vento misterioso", Zedd mergulha em um buraco do espaço-tempo, através do qual é transportado a um mundo em meio a uma grande guerra, onde há guerreiros poderosos que utilizam cristais mágicos chamados "Shards". Estes Shards têm diferentes cores, cada uma atribuída a um elemento: O vermelho é fogo, o azul é água/gelo, o amarelo é relâmpago, e alaranjado-marrom é a terra. Há também um roxo e um verde, suas habilidades "elementais" são desconhecidas.

Diferente da história da maior parte dos animes, a protagonista deste anime é uma mãe. Ele ocorre na cidade de Tóquio num futuro próximo onde existe uma lendária lâmina chamada Witchblade, considerado a arma mais poderosa do mundo. A única pessoa capaz de manipular essa espada precisa ser uma mulher escolhida diretamente pela espada. Querendo aproveitar dos poderes do Witchblade, duas indústrias secretas produzem mulheres para serem escolhidas pelo Witchblade, só que acidentalmente é escolhida a Masato, uma mãe com uma filha chamada Rihoko. Por causa disso as duas são envolvidas em uma grande confusão.

Na história existem pessoas que podem entrar nas mentes das pessoas e apagar suas memórias, algo que pode ser usado para acabar com mistérios ou até assassinatos. Mas o poder tem um preço alto, podendo destruir o coração da pessoa. Para isso são utilizados “pets”, que criam uma ligação e protegem seus companheiros enquanto esses usam seus poderes.