Pegasus faz uma aliança com os acionistas da Corporação Kaiba, que pretendem dar um golpe em Seto Kaiba e assumir o controle da empresa. Assim, o irmão mais novo de Seto Kaiba, Mokuba Kaiba, é feito prisioneiro; enquanto Seto Kaiba é perseguido pelos capangas de Pegasus. No Reino dos Duelistas, Mokuba consegue fugir da prisão e rouba as estrelas de um dos duelistas. Yugi e seus amigos desafiam Mokuba para um duelo, afim de recuperar as estrelas. Mokuba quer se vingar por Yugi ter derrotado o seu irmão, e rouba duas estrelas de Yugi, fazendo com que ele fique com apenas três. Mas Yami Yugi consegue convencer Mokuba a confiar nele, para que juntos enfrentem Pegasus. Mokuba é novamente capturado por um dos capangas de Pegasus e Yugi o desafia para um duelo, para libertar Mokuba. Mas o capanga diz que outra pessoa vai duelar com Yugi: o fantasma de Seto Kaiba!