Seis meses se passaram desde a guerra de Gatlantis. A tripulação sobrevivente do Yamato está em Heroes Hill, lamentando seus companheiros perdidos. Na Fábrica de Falhas do Tempo, o Yamato sai de uma dimensão superior. Kodai e Yuki estão vivos, mas presos nesta dimensão superior. Yamanami, Sanada e alguns outros tentam convencer o Conselho da Terra a deixá-los usar a Falha do Tempo como um reforço, para salvar Kodai e Yuki. É colocado em votação e a Equipe Yamato vence por unanimidade. Yamato é impulsionado para a dimensão superior, e Kodai e Yuki são resgatados. O Yamato retorna ao espaço real e retorna à Terra.