Ash e Goh foram para Johto depois de saberem que o céu está ficando escuro como breu e a manhã não chega mais. Durante a pesquisa, eles descobrem que isso aconteceu logo depois que uma garota se encontrou com um Pokémon misterioso. Enquanto pesquisam mais, Ash e Goh se encontram com a campeã de Sinnoh, Cynthia, que também está pesquisando esse fenômeno. Eles serão capazes de resolver isso?