Para descobrir quem foi o responsável por acusar Booth de assassinato, o Jeffersonian — com a ajuda do agente especial James Aubrey — continua a investigar quem está por trás da conspiração governamental que remonta a J. Edgar Hoover. Quando um DNA diferente é encontrado em uma vítima ligada ao escândalo, o time é capaz de diminuir o número de suspeito, o que os deixa perto de resolver o caso.