Tokyo 2040, diferentemente do Bubblegum Crisis original, tinha 26 episódios e a história novamente era a luta das Knight Sabers contra os Boomers da corporação Genon. As Knight Sabers são mercenárias misteriosas que por isso nos primeiros episódios são mal vistas pelos policiais da AD Police, oficialmente encarregada dos casos que envolvem Boommers (assim, a relação entre as Knight Sabers e a AD Police lembra a relação entre Batman e a policia de Gothan). Com o passar dos episódios, e aparecimento de Boomers mais fortes, os laços se estreitam e fica bastante evidente uma paixão entre um dos policiais da AD, Leon McNicole, e uma das Knight Sabers, Priscila ("Priss") Asagiri.

O Chef Jo está abrindo um restaurante em Boyle Heights, mas coisas estranhas não param de acontecer. Zelda descobre o passado do local e ajuda a esclarecer o mistério.

Seiya e Os Cavaleiros do Zodíaco estão de volta para proteger a reencarnação da deusa Atena, mas uma obscura profecia paira sobre todos eles.

A adolescente Saya Otonashi leva uma vida normal com seu pai, George Miyagusuku, um militar aposentado da guerra do Vietnã, e seus irmãos adotivos Kai e Riku, em Okinawa, no Japão. Porém sua memória a limita a apenas ao ano anterior de sua vida. Misteriosos acontecimentos como o aparecimento dos Chiropteras, vão cada vez mais envolvendo Saya numa trama que pode lhe revelar o seu passado secreto.

Kakushigoto é uma comédia que segue as situações geradas pelo trabalho de Kakushi, um autor de mangás que publica uma história um tanto “vulgar” e tenta a todo custo escondê-la de sua pequena filha Hime.

Sakurakouji Sakura é uma garota que parece ser graciosa e modesta, mas na realidade é muito habilidosa nas artes marciais. Um dia andando de ônibus ela acaba testemunhando um garoto da sua idade em volta de pessoas queimando com uma espécie de fogo azul. No dia seguinte ela acaba voltando para aquele lugar, mas não tem mais nenhuma evidência de qualquer assassinato ali e ainda mais estranho é o fato que o novo aluno transferido para a sua classe se parece exatamente com o garoto que ela viu antes. Seu nome é Oogami Rei, ele é um Code Breaker, aquele que não existe. Ele aparentemente é um assassino de sangue frio, seguindo o princípio de “olho por olho”, usando “o mal contra o mal”. Sakurakouji acha que matar não está certo e resolve o deter, tentando entrar em seu coração “de gelo”. Porém não será tão fácil assim.

Movida pelo sonho de vingança contra as pessoas que a transformaram em excluída no Japão do período Edo, uma jovem guerreira decide trilhar um caminho sangrento.

As aventuras de uma garota do Texas que se muda para Nova York e se torna babá das crianças ricas e precoces da família Ross.

A história foca nos estranhos membros do Time Gai, mostrando como trabalham para se tornarem grandes ninjas, um trabalho que muitas vezes requer salvar Lee dele mesmo.

A história se passa em um mundo onde existem três estilos de escolas de medicina: o estilo ocidental, o estilo oriental e o estilo musical. Tratamentos feitos com as técnicas musicais não só curam pacientes, mas também os médicos, ajudando a manter a saúde mental e física de ambos. O enredo segue um grupo de garotas que estudam o estilo musical e precisam superar as dificuldades de seu treinamento ao ter contato com diferentes pacientes.

No primeiro dia de aula do colegial na Academia Kamizono, quatro garotas se encontram enquanto estavam perdidas no vasto campus da academia e se tornam amigas. A história segue a vida escolar delas e de seus colegas.