Koukaku no Regios se passa em um mundo fictício e pós-apocalíptico, do qual humanos vivem em Regios - cidades móveis envolvidas por cúpulas gigantes, guiadas por espíritos conscientes - para se protegerem da poluição, e dos monstros surgidos a partir dela. A história foca-se em Layfon Alseif, um rapaz de quinze anos, que, por algum motivo, é exilado de sua cidade natal, Grendan, onde carregava o título de Tenken - dado somente aos doze mais notáveis lutadores - e ajudava a proteger a cidade, derrotando os monstros que a ameaçavam. Logo em seguida, ele procura por estudos comuns na Cidade Universitária, Zuellni, mas acaba sendo forçado a se juntar ao 17º Pelotão da Ciência Militar, comandado por Nina Antalk. Estando em um pelotão, Layfon passa a se preparar para competições internas e entre cidades - onde são disputados o Cellunium, minério que move as Regios.

Uma série de crimes hediondos abala uma pequena comunidade, e a detetive Lois Tryon sente que esses crimes são assustadoramente pessoais, como se alguém, ou algo, estivesse a provocando.

Ryu Yamada é um estudante do segundo ano do Colégio Suzaku. Ryu sempre se atrasa para a escola, dorme no meio da aula e fica com as piores notas. Sua vida é um tédio mortal. A linda Urara Shiraishi, por outro lado, é a mais brilhante aluna do Suzaku. Um dia, sem qualquer explicação, seus corpos são trocados! Como vai ser a vida de Ryu no corpo de Urara e de Urara no corpo de Ryu?

O graveto encrenqueiro volta a causar confusão, e desta vez, o Bebê Groot explora o universo e além a bordo das naves espaciais dos Guardiões, ficando cara a cara - ou nariz a nariz - com criaturas e ambientes novos e coloridos.

Uma pequena plantinha brota do chão de uma casa velha utilizada por anjos. De dentro desta planta surge uma garota, que eles chamam de Rakka, porque ela sonhou que estava caindo quando estava dentro da planta que a abrigava. Depois nascem pequenas asas nela e os outros anjos a presenteiam com uma auréola. A partir daí, Rakka vai se descobrindo em um mundo diferente, com aqueles anjos. Vê-se em uma cidade cercada por um muro muito alto, que os isolam do mundo exterior. Quem afinal são os Haibane? Porque eles não podem deixar a cidade? Porque humanos convivem com eles? O que são os misteriosos encapuçados aos quais eles não podem dirigir a palavra? São coisas que vamos descobrindo junto com Rakka e sua singela história.

Uma chefe de polícia acolhe uma criança encontrada perto do local de um misterioso acidente, e que não tem memória do que aconteceu. A investigação a leva a uma conspiração maior do que ela jamais imaginou, e a identidade da criança está no centro de tudo.

Quando Fuuka atingiu seu segundo ano do ensino médio, a puberdade pulou pra fora dela, agora ela é alta e tem peitos enormes. Devido ao seu penteado, suas colegas a chamam de Saipuu, depois de Ciclope. Ela e seu irmão tem uma promessa que agora deverá ser cumprida.

Mahiru Shirota resgata o que ele pensava ser um gato comum, e é arrastado ao mundo dos servamps. E agora sua vida se complica!

O Japão pode estar repleto de monstros misteriosos conhecidos como “ayakashi”, mas também há uma força ninja de exorcistas para conter a ameaça! O jovem Kazamaki Matsuri é um ninja exorcista que passa os seus dias lutando em segredo contra ayakashi para proteger a sua amiga de infância, Suzu Kanade, que tende a atrair ayakashi. Mas agora Suzu tornou-se alvo de Shirogane, que apesar de ter a aparência de um gato, é tido como o rei dos ayakashi!

Desesperada para conseguir fundos para sua startup médica, uma cientista idealista faz um acordo infame com uma investidora misteriosa.

Kiri, uma garota negra que está sendo adotada por uma família branca de classe média, desaparece em uma visita sem supervisão à sua família de nascimento, organizada por sua assistente social, Miriam.